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抗生素抗性基因(ARGs)分析

樣品中有哪些ARGs?
ARGs豐度情況如何?
ARGs來自哪些菌種?
哪些可移動元件上攜帶有ARGs?
ARG分布于哪些位置?染色體還是質粒?
不同處理、不同背景下ARGs存在哪些差異?


抗生素抗性基因(ARGs)是一種新型、持久性的環境污染物,細菌中攜帶ARGs的質粒、整合子以及轉座子等可在菌株間發生水平基因轉移,菌株死亡后攜帶ARGs的DNA在環境中長期存在。[1]本分析使用Nanopore測序技術得到DNA完整序列,通過生物信息分析研究環境微生物中ARGs的分布及其序列,從而可進一步挖掘其功能及機制。




經過分析可得 ——

目標樣本中ARGs鑒定結果
各樣本ARGs豐度
抗生素抗性基因簇
ARGs所注釋到的物種信息
ARGs所在位置

[1]Knapp C W , Engemann C A , Hanson M L , et al. Indirect Evidence of Transposon-Mediated Selection of Antibiotic Resistance Genes in Aquatic Systems at Low-Level Oxytetracycline Exposures[J]. Environmental ence & Technology, 2008, 42(14):5348-5353.

結果圖展示

                            ARGs位置區分點圖
                            注:橫坐標為樣本名稱;豎坐標為ARG;不同的顏色代表不同的Type;最上層為位于質粒的ARG;中間層為位于ICE上的ARG;最下層是位于在染色體上的ARG。



不同位置注釋到ARGs數目餅狀圖


ARG Type豐度堆積圖                              
注:橫坐標代表不同樣本;豎坐標代表豐度占百分比;
不同的顏色代表不同的ARG Type。     



分類sankey圖
注:橫坐標表示不同層級;不同的顏色代表不同的物種;數字代表注釋到的Reads數。

文獻推薦:
Che Y , Xia Y , Liu L , et al., Mobile antibiotic resistome in wastewater treatment plants revealed by Nanopore metagenomic sequencing[J]. Microbiome, 2019, 7(1).
Sukhum K V , Diorio-Toth L , Dantas G. Genomic and Metagenomic Approaches for Predictive Surveillance of Emerging Pathogens and Antibiotic Resistance[J]. Clinical Pharmacology & Therapeutics, 2019, 106(3).
Leggett et al., Rapid MinION profiling of preterm microbiota and antimicrobial-resistant pathogens[J]. Nature Microbiology. 2019.

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