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絕對定量全轉錄組測序采用數字標簽(UMI)技術,追溯每一個文庫片段,實現mRNA、lncRNA和miRNA的絕對化、數字化的精準定量

真實定量 序列都被唯一UMI標記,消除PCR擴增偏好性,真實反映樣品中轉錄本的豐度。

qPCR驗證率99%以上

真實序列 通過對相同UMI標記的相似序列進行糾錯,確保轉錄本真實性。
轉錄組測序在文庫擴增時,PCR步驟影響結果準確性。常規轉錄組測序建庫由于PCR擴增偏好性,反轉錄的DNA序列不能同比例擴展,定量結果與樣本中轉錄本的起始豐度不一致,影響定量結果的準確性。貝納科技推出的絕對定量轉錄組測序,采用UMI標記技術,在文庫擴增前通過UMI標記每一條逆轉錄的cDNA序列,消除PCR擴增偏好的干擾,真實反映樣本中轉錄本的豐度。
UMI會伴隨片段擴增、測序、分析的全過程。同一個片段經過PCR擴增出來的產物帶有相同的UMI,測序完成后采用UMI追溯每一個片段的來源,將相同來源的片段(具有相同的序列和UMI)合并,可以去除PCR擴增重復,準確還原樣本擴增前的原始狀態。同時擴增和測序的錯誤會使得相同UMI對應多條不同序列,通過比較這些序列的相似性,即可糾正,確保真實的轉錄本。



選擇48個差異表達基因,并進行qPCR驗證。左圖為普通RNA-seq與qPCR實驗結果相關性分析圖,右圖為全定量轉錄組與qPCR實驗相關性分析圖。絕對定量測序qPCR驗證率可達99%以上。

參考文獻


Shiroguchi K, et al. Digital RNA sequencing minimizes sequence-dependent bias and amplification noise with optimized single-molecule barcodes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jan 24;109(4):1347-52

Kivioja T, et al. Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. Nat Methods. 2011, 9(1):72-4

 


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