mRNA-Seq：基因結構、表達、功能研究

針對mRNA進行測序和分析。可用于：
結構分析：如從頭構建轉錄本、優化已有基因結構、發現新基因、發現新轉錄本、發現融合基因、鑒定RNA編輯、檢測變異；
表達分析：如基因在各個樣本中的表達定量、樣品間差異表達基因鑒定、基于時間序列的表達分析；
功能挖掘：針對結構分析和表達分析結果進行功能的挖掘，具體方法包括PCA分析、表達模式聚類、共表達網絡構建、富集分析等。

· 建庫測序

承諾采用主流正品試劑和測序儀，承諾更高的數據質量


正品試劑盒

正品耗材

采用 Illunima 、NEB 公司的主流試劑盒進行文庫構建。


Hiseq測序儀

主流測序儀

采用目前最主流的Hiseq系列測序儀進行測序，使測序數據質量更可靠。

堿基質量Q30>80%

更高數據質量

我們承諾堿基質量Q30>80%。

· 轉錄本重構

不同物種，不同方案


發現新轉錄本

模式物種

對于有完善基因組的模式物種，如果除了基因表達，還希望研究基因結構，可以利用轉錄組發現新的轉錄本。

優化基因結構

非模式物種

對于大多數非模式物種，基因組目前還是草圖，除了基因表達，還可以利用轉錄組優化基因結構。

從頭構建

無參考基因組

對于沒有參考基因組的物種，可以利用轉錄組數據從頭構建轉錄本。

· De novo拼接

更少冗余，可靠性評價



Trinity拼接

主流拼接軟件

無參考序列時，我們首先采用目前公認最優秀的軟件Trinity進行拼接。


Corset聚類

去除冗余數據

使用最新Corset軟件對拼接結果進行聚類, 去除約40%的冗余數據。

BUSCO評價

完整性評價

基于OrthoDB同源序列數據庫，對De novo拼接結果的完整性進行評價。

· 功能注釋

全面的功能注釋和分類

UniProt

功能注釋

Swiss-Prot含55萬條手工注釋的蛋白序列；TrEMBL作為其補充，含6500萬條機器注釋的序列。



EggNOG

基因家族

EggNOG是一個orthologous groups數據庫。可以按照基因家族對基因進行分類。



Gene Ontology

功能分類

Gene Ontology分類是基因功能國際標準分類體系。從細胞組分、分子功能和 生物過程三個方面描述基因功能。


Pathway

生物通路

KEGG Pathway收集了大量手工繪制的Pathway, 是目前最主流的Pathway數據庫。

· 差異表達

不限次調整軟件及參數



DESeq2/edgeR

合適的差異軟件

不同項目設計，尤其是生物學重復數目的設計，需要采用不同的差異分析軟件。我們會為您選擇最合適的軟件進行分析。

logFC/FDR

靈活調整

通常采用logFC、FDR兩個參數來篩選差異表達基因，我們會根據項目設計和您的要求，不斷調整參數，直到您滿意。



GO/Pathway/?

富集分析

除了GO和Pathway的富集分析，我們還可以根據您自己構建的分類進行富集分析。

· 定制分析服務

您的科研與眾不同


 

Heatmap繪制及聚類
直觀展示基因的表達模式
參考價格：免費
交付周期：2個工作日
數據要求：基因在各樣品中表達量（FPKM或RPKM等標準化）數據
分析方法：使用R語言繪制熱圖，并基于基因的表達情況對樣品或基因進行層次聚類
 

樣品間相關性分析
評估生物學重復之間的相似性
參考價格：200元
交付周期：2個工作日
數據要求：基因在各樣品中表達量（FPKM或RPKM等標準化）數據
分析方法：使用R包計算樣品間的相關性指標（如皮爾森相關性系數）后，進行繪圖

主成分分析（PCA）
降低數據復雜性，研究樣品于基因表達之間的關系
參考價格：500元
交付周期：2個工作日
數據要求：基因在各樣品中表達量（FPKM或RPKM等標準化）數據
分析方法：使用R包分析并繪圖
 

 

Network作圖
直觀表示基因之間的調控關系
參考價格：500元
交付周期：5個工作日
數據要求：基因間調控關系的對應文件（可使用共表達分析結果）
分析方法：使用Cytoscape軟件繪制Network圖