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超大基因組組裝Contig N50 可達2.8Mb

貝納基因使用Nanopore測序實現超大復雜植物基因組(15.8Gb、高重復高雜合)組裝,Contig N50高達2.8Mb,最長序列達到22Mb。Nanopore PromethION單張芯片測序產出達到110Gb的數據,整個Nanopore建庫和測序工作4天完成。
 


測序過程中通道狀態記錄



單張芯片的reads長度分布


質控后的reads長度分布

 
經過4天建庫和測序,總共獲得了1008Gb數據,pass reads N50為32kb,組裝后Contig N50 達到2.8Mb。
 

測序數據統計




組裝結果統計



貝納基因 Nanopore 測序的優勢
貝納基因做為國內首批引進 Nanopore PromethION 測序平臺的公司,擁有多年的高通量測序,三代測序和 Nanopore 測序,以及生物信息分析經驗,在Nature 和 Science 系列雜志發表多篇學術論文。
貝納基因使用 Nanopore 平臺完成全球第一個大型復雜植物基因組菊花基因組的組裝和后續分析工作。提出和推動千種本草基因組計劃,并構建藥用植物基因組數據庫,推動藥材研究的發展。
 
貝納基因藥用植物基因組項目經驗(部分)


Nanopore 測序技術簡介
Nanopore 是基于納米孔的單分子實時電信號測序技術。其技術原理是 DNA 雙鏈在馬達蛋白的帶領下與鑲嵌在生物膜上的納米孔蛋白結合并解螺旋,在生物膜兩側電壓差的作用下,DNA 雙鏈以一定的速率通過納米孔通道蛋白,由于 DNA 雙鏈上不同堿基化學性質存在差異,所以當單個堿基或 DNA 分子通過納米孔通道時,會引起不同電學信號的變化。通過對這些信號進行檢測及對應,即可計算獲得相應堿基的類型,完成序列的實時測定。
 
Nanopore 測序特點
1)體積小。
2)讀長長,比 PacBio 測序的還要長平均讀長能夠達到幾十到上百 Kb,最長讀長能達到2 Mb 以上。
3)能直接讀取出甲基化的胞嘧啶,不用像二代測序那樣需要事先對基因組進行 bisulfite 處理。
4)數據實時讀取,并且起始 DNA 在測序過程中不被破壞。
5)成本低,比 PacBio 測序便宜。
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